François Rothen obtient son diplôme de physicien puis son doctorat ès sciences à l'Université de Lausanne. Après un stage à l'Université de Marburg (RFA), il revient à l'Institut de physique expérimentale de l'Université de Lausanne où il est nommé professeur ordinaire en 1975. Il accomplit de fréquents séjours à l’Université de Paris-Sud, centre d’Orsay. Ses recherches ont eu successivement pour objet la supraconductivité, les cristaux liquide et l'étude de la morphogenèse. Il s'intéresse depuis toujours à l'astronomie et à l'histoire des sciences.